Um Koji für weitere Fermentationsprozesse oder als Geschmacksgeber zu verwenden, wird der Pilz mitsamt den Reiskörnern verarbeitet. Für die Fleischmarinade Shio-Koji püriert Leoni zu gleichen Teilen Wasser und Koji-Reis mit 5% Salz. Diese dickflüssige Koji-Marinade ist gut im Kühlschrank haltbar und kann nun pur als Salatdressing oder zum weiteren Fermentieren von Gemüse, Getreide oder eben Fleisch verwendet werden.
Nach dem gleichen Prinzip kann man Koji-Reis mit einem neutralen Öl pürieren, das Ganze ziehen lassen, abseihen und man hat aromatisiertes Koji-Öl, zum Beispiel als Geschmacks-Booster für jede Mayonnaise. Eine weitere Möglichkeit, Koji mit Fleisch zu kombinieren, ist eine Panade. Auch dabei ist man am Geschmack interessiert, den der Koji-Reis mit sich bringt. Für die Herstellung einer Koji-Panade, den Koji-Reis mahlen und das Fleisch vor dem Panieren mit dem entstandenen Koji-Mehl bestäuben.